因有五條水圳在萬巒附近注入東港溪支流五魁寮河溪中，當時墾民自西向東，於河溝兩岸附近次序拓墾，而落腳生根。由頭溝水、二溝水、三溝水、泗溝水排列至五溝水，因而命名。

開庄順序以東邊先興命名「東興庄」為最早，再盛西邊命名「西盛庄」。新拓北頂荒地命名「新庄」，後改為「得勝庄」，再向南朝大樹密林荒地開墾，故命名「大林庄」。發展至今五溝村計有四個莊頭。